Dne 24. 4. 2009 společnost získala certifikaci ISO 9001 systému řízení jakosti a byla držitelem tohoto certifikátu do roku 2020. "Tento systém jsme zavedli proto, abychom zajistili shodu Aquionu s požadavky našich zákazníků, kteří mají systém řízení jakosti certifikován. Věřím, že je to další významný krok ve zlepšování se naší společnosti. Od zavedení systému očekávám další zkvalitnění poskytování našich produktů a služeb," uvedl po auditu ředitel společnosti, Ing. Lubomír Macek. "Rád bych poděkoval všem, kteří se na přípravě a procesu certifikace podíleli." Certifikaci nám udělila společnost Det Norske Veritas.
Od roku 2015 zavádíme nový systém řízení od Arte Marena založený na Admin škále, který popsal v knize The Natural Laws of Management. Na tento systém jsme plně přešli od roku 2020.